هناك قدرا كبيرا من مؤسسات التعليم العالي في جميع أنحاء قيرغيزستان. وهذا يشمل جميع أنحاء سبعة وثلاثين الجامعات الحكومية وثمانية عشر جامعات خاصة. وتشمل أبرز الجامعات في قيرغيزستان جامعة آسيا الوسطى وجامعة قيرغيزستان الوطني.

يتم الحصول على درجة الماجستير بعد حصول الطالب على درجة من برنامج درجة جامعية أولى. يجب على الطالب دراسة 12 إلى 18 مساقا في كلية معينة، وينبغي أحيانا التقدم لامتحانات شاملة وكتابة أطروحة بحث.