أوغندا تستضيف أقدم جامعة في شرق ووسط أفريقيا، والتي هي جامعة ماكيري. وقد تم هذه الجامعة مركز التميز الأكاديمي لعدة عقود لالأوغنديين ليس فقط الطلاب ولكن أيضا طلاب آخرين في المنطقة. أوغندا لديها أكثر من 30 جامعات حكومية.

يتم الحصول على درجة الماجستير بعد حصول الطالب على درجة من برنامج درجة جامعية أولى. يجب على الطالب دراسة 12 إلى 18 مساقا في كلية معينة، وينبغي أحيانا التقدم لامتحانات شاملة وكتابة أطروحة بحث.