سكان جنوب السودان لديها خيار لمواصلة التعليم العالي في أي جامعة أو مدرسة مهنية. على الرغم من وجود نقص في كلتا المؤسستين، العديد من البرامج المعمول بها لتوسيع المشهد الحالي للتعليم العالي في جنوب السودان.

يتم الحصول على درجة الماجستير بعد حصول الطالب على درجة من برنامج درجة جامعية أولى. يجب على الطالب دراسة 12 إلى 18 مساقا في كلية معينة، وينبغي أحيانا التقدم لامتحانات شاملة وكتابة أطروحة بحث.